Sejak bulan Desember 1539, Luther menjadi terlibat dalam kasus bigami Philipp I, Landgraf Hessen, yang ingin menikahi salah seorang dari wanita-wanita asisten pribadi istrinya. Philipp meminta persetujuan Luther, Melanchthon, dan Bucer, dengan menyitir poligami para patriark dalam Perjanjian Lama sebagai satu preseden. Para teolog tersebut tidak siap untuk membuat suatu keputusan umum, dan mereka dengan segan hati menasihati sang landgraf bahawa apabila beliau bertekad demikian, beliau seharusnya menikah secara sembunyi-sembunyi dan tetap diam seputar persoalan tersebut.[191] Akibatnya, pada 4 Maret 1540, Philipp menikahi istri keduanya, Margarethe von der Saale, dengan Melanchthon dan Bucer di antara para saksi mereka. Namun, Philipp tidak mampu menyimpan rahasia terkait perkawinan tersebut, dan beliau mengancam untuk memublikasikan nasihat Luther. Luther menyuruhnya untuk "menceritakan suatu kebohongan yang baik dan kukuh" serta menyangkal sepenuhnya perkawinan tersebut, yang Philipp lakukan pada kontroversi publik berikutnya.[192] Dalam pandangan Martin Brecht, biograf Luther, "pemberian nasihat konfesional kepada Philipp dari Hessen merupakan salah satu kesalahan terburuk yang dibuat Luther, dan, di samping sang landgraf sendiri bertanggung jawab secara langsung atas hal tersebut, sejarah secara khusus meminta pertanggungjawaban Luther".[193] Brecht berargumen bahawa kesalahan Luther adalah bukan kerana beliau memberikan nasihat pastoral pribadi, tetapi kerana beliau salah memperhitungkan konsekuensi-konsekuensi politiknya.[194] Peristiwa tersebut menyebabkan kerusakan yang langgeng pada reputasi Luther.[195]